Convaincu de la nécessité d'une nouvelle gouvernance, M. Jean-Léonce Dupont, rapporteur, a tout d'abord noté qu'il ne s'agit que de la première étape d'une réforme de plus grande ampleur de l'université. Il a ensuite estimé que le titre du projet de loi pourrait utilement être complété par la référence aux « responsabilités » des universités. Il a souhaité améliorer le contrôle des universités en proposant que le renforcement des capacités stratégiques du conseil d'administration se traduise par une vigilance renforcée de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES) dans le cadre du contrat quadriennal. Il a également proposé de recourir à des commissaires aux comptes dans les universités, de mettre en place un médiateur de l'enseignement supérieur et a insisté sur l'importance d'introduire un outil interne de contrôle de gestion dans les établissements universitaires. M. Jean-Léonce Dupont, rapporteur, a également émis le souhait que ce texte soit cohérent avec la loi de programme pour la recherche du 18 avril 2006 et fait part de d'une interrogation relative aux risques de dérive « clanique » et disciplinaire que fait peser la réforme sur l'université. A cet égard, il a indiqué qu'il proposerait des amendements tendant à garantir la spécificité des recrutements dans les facultés de médecine. Il a enfin suggéré que l'ouverture de l'université à l'international s'accompagne de la participation des personnalités extérieures à l'élection du président.