La région est responsable de l'organisation des transports ferroviaires. Mais les gares constituent un instrument d'urbanisme et de développement urbain. Un décret de février 2012 - mal ficelé du reste - qui s'inscrit dans le prolongement de l'amendement de Louis Nègre sur les gares, précise que le préfet peut associer un représentant de la métropole ou de la communauté urbaine aux discussions concernant l'aménagement des gares, aux côtés des représentants de la SNCF, de RFF ou de la région. Cet amendement le garantit.