Dans un premier temps, la LOLF étant une coproduction du Gouvernement et du Parlement, le Gouvernement a interrogé les commissions des finances des deux assemblées pour connaître leur opinion sur le projet de matrice « Définition des missions ».
La commission des finances du Sénat s'est prononcée pour la création d'une mission regroupant la Cour des comptes, celle-ci devenant le certificateur de sincérité des comptes publics, et les autorités indépendantes, afin que ces dernières soient garanties contre des régulations budgétaires qui, quelquefois, apparaissent comme une pression exercée sur elles.
Imaginez qu'un jour le CSA soit amené à prendre une décision légèrement différente de celle que le pouvoir politique aurait pu suggérer et que survienne, quelques jours plus tard, une régulation budgétaire. On ne pourrait alors éviter de présumer que des pressions ont été ainsi exercées par le politique sur cette autorité indépendante.
Il faut donc se mettre à l'abri de tout soupçon de cette nature.
Dès lors, l'idée qui consiste à regrouper toutes les autorités indépendantes relevant de l'action du Gouvernement nous paraît a priori bonne. C'est pourquoi la commission des finances s'est ralliée à la proposition de Mme Gourault.
Laisser les autorités indépendantes dans un programme signifie que le responsable du programme peut, à sa guise, opérer des transferts de crédits d'une action à l'autre, les autorités indépendantes apparaissant alors comme de simples actions, qui seraient donc soumises à des pressions pouvant faire douter de leur indépendance.
Dans ces conditions, la création d'un programme « Autorités administratives indépendantes » nous apparaît comme un facteur de clarification, ce programme devant être une sorte de sanctuaire. Sans doute ce sanctuaire n'échapperait-il pas à toutes les régulations budgétaires lorsque, malheureusement, elles se produisent, mais cette « présomption de sanctuarisation » nous paraît conforme à l'esprit dans lequel la LOLF a été rédigée.