La commission a ensuite procédé, sur le rapport de M. Christian Cointat, à l'examen des amendements sur le projet de loi organique n° 104 (2007-2008), modifié par l'Assemblée nationale après déclaration d'urgence, tendant à renforcer la stabilité des institutions et la transparence de la vie politique en Polynésie française.
La commission a donné un avis défavorable à l'amendement n° 1 présenté par M. Bernard Frimat et les membres du groupe socialiste, tendant à supprimer l'article 3 du projet de loi organique (mode d'élection et inéligibilités des représentants à l'assemblée de la Polynésie française).
A l'article 14 bis (composition du haut conseil de la Polynésie française), la commission a donné un avis défavorable à l'amendement de suppression n° 2 présenté par M. Bernard Frimat et les membres du groupe socialiste. M. Christian Cointat, rapporteur, a rappelé que cet article était issu d'un amendement de M. Gaston Flosse, sous-amendé par la commission afin de permettre aux avocats d'être nommés au sein du haut conseil dans les mêmes conditions que les magistrats, les professeurs de droit et les fonctionnaires de catégorie A. Il a expliqué que si cet article prévoyait la nomination, en tant que président du conseil de la Polynésie française, d'un magistrat de l'ordre administratif, cette condition paraissait justifiée au regard des attributions consultatives du haut conseil, chargé d'examiner les projets de « lois du pays » et les projets de délibérations avant leur dépôt devant l'assemblée de la Polynésie française. Soulignant que le dispositif ne devait entrer en vigueur, au plus tard, que six mois après l'élection du président de la Polynésie française suivant l'élection de l'assemblée en janvier et février 2008, il a jugé fortuites ses conséquences pour l'actuelle présidente du haut conseil, avocate de formation.
a estimé que la volonté d'adopter conforme le projet de loi organique afin d'organiser l'élection de l'assemblée de la Polynésie française dès janvier conduisait à faire des nouvelles règles de composition du haut conseil de la Polynésie française un dispositif de destitution de sa présidente actuelle. Constatant que la présidente actuelle du haut conseil était d'origine polynésienne et qu'aucun magistrat de l'ordre administratif ne l'était, il a regretté qu'après l'entrée en vigueur des nouvelles règles de composition, le haut conseil ne puisse plus, en raison de cet état de fait, être présidé par un Polynésien. Concédant que le rapporteur n'avait pas souhaité une telle conséquence, il a jugé que les conditions d'adoption du projet de loi organique n'étaient pas satisfaisantes.
soulignant que M. Gaston Flosse, auteur de l'amendement dont était issu l'article 14 bis, était un ardent défenseur de l'autonomie de la Polynésie française, allié depuis quelques mois à M. Oscar Temaru, a affirmé que le dispositif ne reposait aucunement sur des considérations d'appartenance ethnique.
A l'article 20 (élection anticipée de l'assemblée de la Polynésie française et modalités d'entrée en vigueur de certaines dispositions), la commission a donné un avis défavorable à l'amendement n° 3 présenté par M. Bernard Frimat et les membres du groupe socialiste, tendant à supprimer le paragraphe I prévoyant le premier tour des élections pour le renouvellement intégral de l'assemblée de la Polynésie française en janvier 2008.